Debido a que en 1912 no hubo torneo de la Segunda División, en 1913 la Liga Paraguaya de Football organizó el Torneo Ingreso para permitir el ingreso de un equipo a Primera División (el campeón), y el mismo fue ganado por Cerro Porteño, integrando desde ese año hasta hoy en día de forma interrumpida la máxima categoría del fútbol paraguayo. En ese mismo año también se consagra campeón invicto de Primera, en su primera presentación y tan sólo diez meses de su fundación.[12] A fines de 1914 surge una grave crisis interna dentro club, en la que su presidente decide incorporar al equipo a dos jugadores que no eran del agrado de los demás dirigentes y ante esta disposición de fuerza, la Comisión Directiva y los socios expectables oponen abierta resistencia.[13
Se provoca así un conflicto que va formando partidarios por cada parte y caldeándose tanto el ambiente deportivo como social; para definir, el Sr. Villagra plantea el dilema: “O se acepta a sus candidatos o él renuncia”. Naturalmente, divididos ya los asociados, enervados los ánimos, ocurre la última alternativa. De esta manera Don Pedro David Villagra se aleja del Club, llevándose tras él no solo variada documentación y materiales, sino también numerosos jugadores y asociados.[14]
Los desertores prontamente fundaron un nuevo club, el “Ytororo” y desafiaron inmediatamente a una justa deportiva, a la que no se accedió debido a la difilcutades internas y a la desintegración del plantel deportivo. En tal circunstancias la Presidencia fue ejercida en forma interina durante seis meses por Don Juan Denis, en su carácter de Vice Pdte. de la Comisión Directiva de 1914.[15] Finalmente a propuesta de los Sr. Antonio Velázquez, Juan Denis, Eduardo Jara, Augusto Cabriza, Emilio Gómez, Ismael Gómez y otros, se presentará ante el Sr. Roque J. Medina para pedirle que aceptase su postulación en la próxima asamblea. Y así cumplido el acto asambleario, realizado a proncipios de 1915 en la casa de Don Darío Lima, situada en las calles José Berges y Asunción, domicilio al que concurren unos pocos asociados sobrevivientes del terrible vendaval de la crisis superada, surge a modo de líder indiscutible, aclamado y querido, Don Roque J. Medina, como nuevo Presidente. El Campeonato de 1915, es conquistado, en la primera final por un título oficial ante Olimpia[16] A inicios de 1916 el Socio Protector Juan E. O'Leary hace entrega a la C. D. de una Copa, donada al club por el destacado Socio Honorario Dr.Luis Alberto de Herrera, con motivo de la exitosa conquista del campeonato del año anterior.[17]
En 1917, triunfa frente aún seleccionado nacional de Boy Scout, ganado una medalla de oro. En junio de 1917 sale vencedor de un torneo organizado por la LPF obteniendo el Trofeo Intendencia Municipal; instituido por tal entidad. En ese mismo año concreta en forma exitosa, a través de sus dirigentes una mediación ante la LPF y la Liga Centenario de Fútbol, afín de unificar las 2 competencias de fútbol existentes entonces.[18] El Sr. Rogelio Livieres, recordado Pdte. del Guaraní, otorga en 1918 unas Medallas a los vencedores del mach amistoso entre aurinegros y azulgranas. El encuentro tras algunas interrupciones concluye 4 a 2 a favor del Club del Pueblo.[19] Seguidamente obtiene su 1er. el Bicampeonato entre 1918[20] y 1919[21]
El 26 de enero. de 1919., entra en vigencia sus primeros estatutos, a pesar de que recién el 14 de enero. de 1924. son aprobados por Poder Ejecutivo, entrando en rigor hasta 1956.[22] Durante un torneo amistoso frente a Olimpia gana en 1920, la Copa William Paats.[23] A beneficio del Club Estudiantes, a principios de 1920 disputa una Copa de Plata al River Plate, venciéndolo 4 a 2.[24] Al año siguiente toma posesión de la Copa Comisión Festejos de San Juan.[25]
En 1931 durante la Masacre del 23 de octubre, fallece el Capitán del primer conjunto de la entidad: Julio César Franco, por lo cual, mediante una resolución, la C. D. denomina a perpetuidad con su nombre al equipo de la Primera División.[26] Suspendidos los campeonatos desde 1932 por la Guerra del Chaco,[27] se concretan en esos años, torneos benéficos, por lo que en 1933 obtiene la Copa Beneficio Sanidad Militar.[28] El 18 de agosto de 1933 fallece el destacado presidente en ejercicio Prof. Dr. Adriano Irala, a lo que immediatamente se resulve rendirle homenajes póstumos entre los cuales se dispone, que la bandera azulgrana sea uzada a media asta los domingos y feriados en la nueva cancha por el término de seis meses y que la nueva sede sea denominada “Estadio Dr. Adriano Irala”.[29]
Reanudadas las justas deportivas en 1935,[30] logra el campeonato de tal año; denominado "Torneo de La Victoria", por lo que instituyeron al club lo de Campeón de La Victoria, refiriéndose a tales circunstancias.[31] A medidos de 1935 se pone en marcha un trofeo denominado Copa Amistad, que fuera instituido por los Presidentes Dr. Oscar Pinho Insfrán y del Sr. Oscar S. Netto, de Cerro y Olimpia. respectivamente, la misma fue disputada en tres encuentros, adjudicándose finalmente el primer equipo mencionado.[32] Consigue el Tri campeonato en la temporadas de 1939,[33] 1940[34] y 1941.[35] El 14 de agosto de 1938 enfrenta a Atlético Talleres de Córdoba, en su gira por Paraguay, disputando la Copa Ministerio del Interior, donado al efecto por el Ministro de la cartera, el resultado fue un amistoso empate 1 a 1.[36] Debido a la exitosa campaña del año 1939 y durante los festejos del triunfo se observa por primera vez en el mundo deportivo paraguayo que la consagración de campeón de un equipo logra una destacada trascendería y notable admiración por parte de clubes amigos: Olimpia, Guaraní, Presidente Hayes y Sol de América quienes en leal y gentil gesto hicieron entrega de un Diploma de Honor conmemorativo que lleva los colores y firmas de las citadas instituciones. Así también el Club retribuyó estas atenciones obsequiando a todos los clubes de la Liga con un imponente Gallardete con la inscripción de los jugadores campeones.[37] A finales de 1940 participa de una serie internacional auspiciado por el Atlántida, con motivo de la visita de Club Atlético Platense del Gran Buenos Aires. El cotejo frente al Platense, tiene lugar el 3 de octubre de 1940, correspondiendo el triunfo al Club del Pueblo, consiguiendo nuevamente así el Trofeo Intendencia Municipal.[38]
Durante 1941, también se consiguen varios premios, el Trofeo Juan Esteban Vacca ganando al Sol de América, el Trofeo Torres Lugo a Presidente Hayes Y Se instituye como primer ganador de la Copa Consejo Nacional de Cultura Física.[39] máximo ente rector del deporte en Paraguay; actual Secretaria Nacional de Deportes.[40] Ese mismo año en jornadas internacionales amistosas alcanza primeramente la Copa Nuestra Señora de la Paz, otorgado por el Intendente Municipal de la mencionada ciudad de Bolivia, al vencer a The Strongest, 3 goles contra 2 y luego la Copa San Miguel de Tucumán, entregado por el Intendente Municipal de Tucumán, Argentina; al ganar 4 a 3 frente al Atlético San Martín.[41]
En el tristemente célebre campeonato de 1942,[42] Cerro protesta contra Nacional, ante la LPF, debido a situación irregular de Arsenio Erico, ya que en la misma temporada defendió dos divisan, el de Independiente de Buenos Aires y luego la de la "Academia" de Asunción, por lo cual, no conforme en una solución, el conjunto azulgrana, como medida de última instancia, decide no presentarse en los partidos de final, quedando oficialmente como Vice campeón[43] no obstante institucionalmente se recuerda animadamente al plantel de tal año como “Finalista 1942”. La nota feliz de 1942, se da al ganar el Trofeo Juan Esteban Vacca, ante el Olimpia, por el marcador de 2 goles contra 1 y la Copa Serra, ganada al Sol de América, también por 2 a 1. El día 1 de octubre de 1942, en sentido homenaje la C. D. descubre un busto del Dr. A. Irala, en la secretaria del club, como acto central de los 30 aniversario de fundación.[44
